由于迟到两次，想咨询下是否合法？

迟到两次被扣1000元，合法性需具体判断。依据《劳动法》，单位可制定规章制度，员工需遵守，严重违规可被辞退。若扣款无依据或过高，可能违法，需及时维权，否则权益受损。
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迟到扣款需判断。操作如下：1.查阅公司规章制度，确认扣款规定；2.与经理沟通，了解扣款原因；3.若认为不合法，收集证据，如工资条、规章制度等；4.向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自身权益。
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处理此问题，可先与经理沟通了解扣款依据，或查阅公司规章制度。若认为不合法，可选择向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。选择方式需根据具体情况和证据充分性决定。